IMGT medhjälpare-m exceplmoire
laddning, väte givare och acceptor atomer, och polaritet av aminosyran sidokedjor
- laddning av aminosyran sidokedjor
- väte givare och acceptor atomer av aminosyran sidokedjor
- polaritet av aminosyran sidokedjor
laddning av aminosyran sidokedjor
laddade sidokedjor
laddningen på Aminosyrasidokedjan beror på AA: s pk (tabell 1) och på lösningens pH.
- negativ laddad (sura sidokedjor): asparaginsyra och glutaminsyra
vid ett pH överlägsen deras pK (Tabell 2) förlorar karboxylicside-kedjorna en H+ – Jon (proton)och är negativa laddade. De är därför sura.
vid ett pH som är sämre än deras pK är sidokedjorna asparaginsyra och glutaminsyra oladdade.
- positiv laddad (basiska sidokedjor): lysin, arginin och histidin
vid ett pH överlägsen deras pK (Tabell 2) är aminsidokedjorna oladdade.
vid ett pH som är sämre än deras pK accepterar lysin -, arginin-och histidinesidkedjorna en H+ – Jon (proton) och ärpositiv laddad. De är därför grundläggande.
tabell 1: pK för aminosyrasidokedjagruppen.PK i sidokedjagruppen är pH vid vilket exakt hälften av en karboxylikoramingrupp laddas.
| aminosyra | pK i sidokedjagruppen |
|---|---|
| asparaginsyra | 3.9 |
| glutaminsyra | 4.2 |
| lysin | 10,5 |
| arginin | 12,5 |
| histidin | 6.0 |
arginin sidokedjan är mycket grundläggande eftersom dess positiva laddning stabiliseras genom resonans.
de två nitrogenerna i histidinsidokedjan har en relativt svag affinitet för en H+och är endast delvis positiva vid neutralt pH.
tabell 2: laddning av aminosyrasidokedjorna.Endast sidokedjorna visas.
vid pH = 7 laddas sidokedjor av de 5 aminosyrorna.
oladdade sidokedjor
femton AA har oladdade sidokedjor. De är: A, N, C, Q, G, i, L, M, F, P, S, t, W, Y, V.
Vätedonator och acceptoratomer av aminosyrasidokedjorna
Klicka här för Aminosyraatomer nomenklatur.
- 3 aminosyror (arginin, lysin och tryptofan) har vätedonatoratomer i sina sidokedjor.
- 2 aminosyror (asparaginsyra, glutaminsyra) har väteacceptoratomer i sin sidokedja.
- 6 aminosyror (asparagin, glutamin, histidin, serin, treonin och tyrosin) har både vätegivareoch acceptoratomer i sina sidokedjor.
tabell 3: Vätedonator och acceptoratomer i aminosyrasidokedjor.
A mellan parenteser, antal ”sp-väten” som en givaratom kan donera, om mer än en.
b mellan parenteser, antal vätebindningar som en acceptoratom kan acceptera, om mer än en.
- 9 aminosyror (alanin, cystein, glycin, isoleucin, leucin, metionin, fenylalanin, prolin, valin) har inga vätegivare eller acceptoratomer i sina sidokedjor.
polaritet hos aminosyrasidokedjorna
Aminosyrasidokedjor med vätedonator och/eller acceptoratomer är polära
Aminosyrasidokedjor utan vätedonator och/eller acceptoratomer är icke-polära
det finns 10 Icke-polära aminosyror (inklusive tryptofan, trots en vätedonatoratom): A, C, G, i, L, M, F, P, V, W.
dessa icke-polära aminosyror:
- tenderar att klustera sina sidokedjor tillsammans i insidan av proteiner.
- är ofta engagerade i van der Waals interaktioner.
Parade cysteiner tillåter disulfidbindningar.