Vad är en Genome browser och varför behöver vi en?

i detta steg introducerar vi genombläddrare, som är revolutionerande verktyg som hjälper oss att förstå gener i samband med hela genom.

en genomwebbläsare är ett datorprogram som visar genomdata på ett användarvänligt sätt. Det tar vanligtvis mycket stora filer, till exempel hela genomet FASTA filer och visar dem på ett sätt som vi användare kan förstå informationen där. I de flesta fall är genomwebbläsare utformade för att integrera olika typer av data representerade i olika typer av datafiler. Till exempel kan annoteringsfiler, de som innehåller information om placeringen av gener i genomet, också laddas in i en genombläddrare så att vi visuellt kan inspektera genernas placering. Detta är viktigt eftersom vi kan tolka resultat mer intuitivt när vi kan se information i ett genomiskt sammanhang och inte isolerat (dvs. en enda gensekvens).

det finns många genomwebbläsare tillgängliga. Vad de kan göra beror på de uppgifter som behövs av forskarna och samhället som använder webbläsaren. Många av dem kan nås direkt från internet och de kan visa information från vanliga sökta eller undersökta organismer. Till exempel, vid tillkomsten av Human Genome Project, utvecklade University of California Santa Cruz UCSC genome browser. Numera visar den information inte bara för det mänskliga genomet utan också för många andra organismer som maskar och flugor.

i den här kursen kommer vi att använda en genombläddrare som är utformad speciellt för användning med bakteriegenom. Dess namn är Artemis, och snarare än att använda det online installerar vi det på våra datorer och kör det ”lokalt”.

men innan vi fortsätter att ladda ner och installera Artemis, låt oss lära oss om dess skapande och dess nyckelfunktioner.