Co je prohlížeč genomu a proč ho potřebujeme?

v tomto kroku představujeme prohlížeče genomu, což jsou revoluční nástroje, které nám pomáhají porozumět genům v kontextu celých genomů.

prohlížeč genomu je počítačový program, který zobrazuje genomická data uživatelsky přívětivým způsobem. Trvá obvykle velmi velké soubory, jako je například celý genom FASTA souborů a zobrazí je tak, že my uživatelé mohou smysl informací tam. Ve většině případů jsou prohlížeče genomu navrženy tak, aby integrovaly různé typy dat reprezentovaných v různých typech datových souborů. Například, anotace souborů, ty, které obsahují informace o umístění genů v genomu, může být také vložen do genomu prohlížeče, takže můžeme vizuálně zkontrolujte umístění genů. To je důležité, protože výsledky můžeme interpretovat intuitivněji, když vidíme informace v genomickém kontextu a ne izolovaně(tj.

k dispozici je mnoho prohlížečů genomu. To, co mohou dělat, závisí na úkolech, které vědci potřebují, a komunitě, která prohlížeč využívá. Mnoho z nich lze přistupovat přímo z internetu a jsou schopni zobrazit informace z běžně vyhledávaných nebo zkoumaných organismů. Například při příchodu projektu Human Genome vyvinula Kalifornská univerzita Santa Cruz prohlížeč genomu UCSC. V současné době zobrazuje informace nejen pro lidský genom, ale také pro mnoho dalších organismů, jako jsou červy a mouchy.

v tomto kurzu budeme používat prohlížeč genomů navržený speciálně pro použití s bakteriálními genomy. Jmenuje se Artemis a místo toho, abychom ji používali online, nainstalujeme ji do našich počítačů a spustíme ji „lokálně“.

ale než přistoupíme ke stažení a instalaci Artemis, dozvíme se o jeho vytvoření a jeho klíčových funkcích.