IMGT Aide-mémoire
Poplatek, vodík donor a akceptor atomy, a polarita aminokyselin postranních řetězců
- Náboj aminokyselinových postranních řetězců
- Vodíkový donor a akceptor atomy aminokyselin postranních řetězců
- Polarita aminokyselin postranních řetězců
Náboj aminokyselinových postranních řetězců
Nabité postranní řetězce
Náboj na aminokyseliny vedlejší řetězec závisí na pK AA (Tabulka 1) a na pH roztoku.
- záporně nabité (kyselé boční řetězce): kyselina asparagová a kyselina glutamová
při pH vyšším než jejich pK (Tabulka 2) ztrácejí karboxylicsidové řetězce iont H+ (proton) a jsou záporně nabité. Jsou proto kyselé.
při pH nižším než jejich pK jsou postranní řetězce kyseliny asparagové a kyseliny glutamové nenabité.
- kladně nabité (základní boční řetězce): lysin, arginin a histidin
při pH vyšším než jejich pK (Tabulka 2) jsou aminové boční řetězce nenabité.
Při hodnotě pH nižší než jejich pK, lysin, arginin a histidineside řetězy přijmout H+ ion (proton) a arepositive nabitá. Jsou proto základní.
Tabulka 1: pK skupiny postranních řetězců aminokyselin.PK skupiny postranního řetězce je pH, při kterém je nabitá přesně polovina karboxylicorové aminové skupiny.
| Aminokyseliny | pK s postranním řetězci skupinu |
|---|---|
| kyselina Asparagová | 3.9 |
| kyselina Glutamová | 4.2 |
| Lysin | 10.5 |
| Arginin | 12.5 |
| Histidin | 6.0 |
arginin postranní řetězec je velmi jednoduchý, protože jeho pozitivní náboj je stabilizován rezonancí.
dvou atomů dusíku v postranním řetězci histidin mají relativně slabou afinitu k H+a jsou pouze částečně pozitivní při neutrálním pH.
Tabulka 2: Poplatek aminokyselinových postranních řetězců.Jsou zobrazeny pouze boční řetězy.
při pH = 7 se nabíjí boční řetězce 5 aminokyselin.
nenabité boční řetězy
patnáct AA má nenabité boční řetězy. Jsou to: A, N, C, Q, G, I, L, M, F, P, S, T, W, Y, V.
Vodíkový donor a akceptor atomy aminokyselin postranních řetězců
Klikněte zde pro Aminokyseliny atomy nomenklatury.
- 3 aminokyseliny (arginin, lysin a tryptofan) mají ve svých postranních řetězcích atomy donoru vodíku.
- 2 aminokyseliny (kyselina asparagová, kyselina glutamová) mají ve svém postranním řetězci atomy akceptoru vodíku.
- 6 aminokyselin (asparagin, glutamin, histidin, serin, threonin a tyrosin) má ve svých postranních řetězcích oba atomy vodíkua akceptoru.
Tabulka 3: atomy donoru vodíku a akceptoru v postranních řetězcích aminokyselin.
a mezi závorkami, počet „sp hydrogenů“, které může dárcovský atom darovat, pokud je více než jeden.
b mezi závorkami, počet vodíkových vazeb, které akceptorový atom může přijmout, pokud je více než jeden.
- 9 aminokyselin (alanin, cystein, glycin, isoleucin, leucin, methionin, fenylalanin, prolin, valin), nemají žádný vodík donor nebo akceptor atomů v jejich postranních řetězců.
Polarita aminokyselin postranních řetězců
Amino kyselina postranní řetězce s peroxidem dárce a/nebo akceptorem atomů jsou polární
Amino kyselina postranní řetězce bez vodík dárce a/nebo akceptorem atomů jsou nepolární
k Dispozici je 10 nepolární aminokyseliny (včetně tryptofan, přes dárce vodíku atom): A, C, G, I, L, M, F, P, V, W.
Tyto nepolární aminokyseliny:
- mají tendenci shlukovat své boční řetězce dohromady uvnitř proteinů.
- jsou často zapojeni do van der Waalsových interakcí.
párové cysteiny umožňují disulfidové vazby.