RNA-Sekvenování Vs. Microarrays

Tento technologické spínače v profilování genové exprese není žádné překvapení, vzhledem k tomu, co RNA-seq umožňuje:

  • detekce román, unannotated genů
  • detekce sekvence-úroveň změny (kódování oblasti mutace, genové fúze,-k-I editace události)
  • detekce sestřihových události, a to i nových, na rozdíl od standardní microarrays
  • širší dynamický rozsah, nastavitelné ovládání sekvenování hloubky
  • výraz profilování non-referenční organismy (méně přímočaré, ale zvládnu.), a tak dále.

Ve většině případů, získání vyjádření profil vzorku by být ještě trochu levnější pomocí microarrays místo RNA sekvenování, rozdíl je v rozmezí 50 až 100 EUR/USD za vzorek. Výhody RNA-seq však mohou snadno převažovat nad dodatečnými náklady.

navzdory tomu microarrays zcela nezmizely. Pro naše zákazníky pravidelně analyzujeme data exprese microarray (i když ne tolik jako RNA-seq). Vědci, kteří plánují měření výrazů, se stále často ptají na náš názor na to, kterou technologii použít.

skutečná otázka je zde: kdy, pokud vůbec, má smysl používat mikroarrays místo sekvenování RNA?

někdy to dává smysl. Můžete mít dobrý důvod držet se microarrays, pokud 1) žádný z výše uvedených parametrů není kritický a / nebo 2) platí jedna z následujících možností:

  • použití microarray-based diagnostický test s prokázanou klinickou prospěšnost,
  • máte velký počet vzorků a nákladů je rozhodující,
  • chcete být schopni porovnávat výraz profily přímo s jiným microarray dat nastavit stejné pole platformu, nebo
  • máte microarray workflow in-house (nebo s důvěryhodnými partnery) od odběru vzorku až po analýzu dat, která jste spokojeni s

a Konečně, jeden bod z bioinformatician pohledu, že budete chtít, aby zvážila: pokud máte ve svém týmu výzkumného pracovníka, který bude používat data k učení bioinformatiky, nezapomeňte, že analýza dat RNA-seq je rozhodně užitečnější dovedností v moderním (a budoucím!) laboratoře než microarray analýza.

výše uvedené seznamy by vám měly pomoci učinit rozhodnutí RNA-seq vs. microarray. Vždy se však vyplatí diskutovat s bioinformatikem nebo poskytovatelem měření, abyste si vybrali platformu, která nejlépe odpovídá vašemu biologickému materiálu, výzkumným otázkám a rozpočtu.

Zjistěte více o modelu služby nebo nás kontaktujte a zjistěte, jak vám můžeme pomoci!



Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.