RNA-Sekvenování Vs. Microarrays
Tento technologické spínače v profilování genové exprese není žádné překvapení, vzhledem k tomu, co RNA-seq umožňuje:
- detekce román, unannotated genů
- detekce sekvence-úroveň změny (kódování oblasti mutace, genové fúze,-k-I editace události)
- detekce sestřihových události, a to i nových, na rozdíl od standardní microarrays
- širší dynamický rozsah, nastavitelné ovládání sekvenování hloubky
- výraz profilování non-referenční organismy (méně přímočaré, ale zvládnu.), a tak dále.
Ve většině případů, získání vyjádření profil vzorku by být ještě trochu levnější pomocí microarrays místo RNA sekvenování, rozdíl je v rozmezí 50 až 100 EUR/USD za vzorek. Výhody RNA-seq však mohou snadno převažovat nad dodatečnými náklady.
navzdory tomu microarrays zcela nezmizely. Pro naše zákazníky pravidelně analyzujeme data exprese microarray (i když ne tolik jako RNA-seq). Vědci, kteří plánují měření výrazů, se stále často ptají na náš názor na to, kterou technologii použít.
skutečná otázka je zde: kdy, pokud vůbec, má smysl používat mikroarrays místo sekvenování RNA?
někdy to dává smysl. Můžete mít dobrý důvod držet se microarrays, pokud 1) žádný z výše uvedených parametrů není kritický a / nebo 2) platí jedna z následujících možností:
- použití microarray-based diagnostický test s prokázanou klinickou prospěšnost,
- máte velký počet vzorků a nákladů je rozhodující,
- chcete být schopni porovnávat výraz profily přímo s jiným microarray dat nastavit stejné pole platformu, nebo
- máte microarray workflow in-house (nebo s důvěryhodnými partnery) od odběru vzorku až po analýzu dat, která jste spokojeni s
a Konečně, jeden bod z bioinformatician pohledu, že budete chtít, aby zvážila: pokud máte ve svém týmu výzkumného pracovníka, který bude používat data k učení bioinformatiky, nezapomeňte, že analýza dat RNA-seq je rozhodně užitečnější dovedností v moderním (a budoucím!) laboratoře než microarray analýza.
výše uvedené seznamy by vám měly pomoci učinit rozhodnutí RNA-seq vs. microarray. Vždy se však vyplatí diskutovat s bioinformatikem nebo poskytovatelem měření, abyste si vybrali platformu, která nejlépe odpovídá vašemu biologickému materiálu, výzkumným otázkám a rozpočtu.
Zjistěte více o modelu služby nebo nás kontaktujte a zjistěte, jak vám můžeme pomoci!