L’étude génétique répond à l’endroit où le poulet a été domestiqué, et son ancêtre

Les poulets ont joué un rôle important dans les sociétés humaines à travers le monde et pourtant, les origines géographiques et temporelles de leur domestication restent un mystère. Dans le but de résoudre ce problème, les chercheurs ont analysé 863 génomes provenant d’un échantillon mondial de poulets et de représentants des quatre espèces de volailles sauvages de la jungle et de chacune des cinq sous-espèces de volailles rouges de la jungle (RJF).

L’étude, dirigée par Ming-Shan Wang de l’Institut de zoologie de Kunming de l’Académie chinoise des Sciences, a été publiée le 24 juin dans Cell Research. Cela suggère que les poulets domestiques étaient initialement dérivés de la sous-espèce RJF Gallus gallus spadiceus dont l’aire de répartition actuelle est principalement dans le sud-ouest de la Chine, le nord de la Thaïlande et le Myanmar.

Après leur domestication, les poulets ont été transférés en Asie du Sud-Est et du Sud où ils se sont croisés localement avec la sous-espèce RJF et d’autres espèces de volailles de la jungle. Une analyse de l’horloge moléculaire suggère que les poulets domestiques ont divergé de G. g. spadiceus il y a 9500 ± 3300 ans, bien que ce nœud ne soit pas nécessairement en corrélation avec le début du processus de domestication, car les poulets sont visibles archéologiquement beaucoup plus tard.

Les poules domestiques de village ont été hybridées avec le G. g. spadiceus sauvage en Thaïlande au milieu du 20ème siècle et les couvées sauvages de RJF ont été retirées de leurs nids et écloses par des poules domestiques.

Pour établir la sous-espèce primaire de RJF à partir de laquelle les poulets domestiques ont été dérivés et pour comprendre les mécanismes génétiques sous-jacents à la domestication du poulet, il est nécessaire d’analyser les génomes nucléaires des parents sauvages présumés et des populations domestiques, à l’intérieur et au-delà des aires de répartition naturelles de toutes les sous-espèces de RJF.

L’étude a séquencé 787 génomes entiers : 627 poulets domestiques, 142 RJF représentant les cinq sous-espèces, 12 volailles vertes de la jungle, 2 volailles grises de la jungle et 4 volailles de la jungle de Ceylan. Pour maximiser la probabilité de capturer la variabilité génétique parmi les sous-espèces de la FJR, il a échantillonné des individus appartenant à chaque sous-espèce à partir d’au moins trois endroits géographiquement éloignés et s’est assuré qu’au moins un individu de chaque sous-espèce était séquencé jusqu’à une couverture d’au moins 20 ×.

L’analyse en composantes principales (APC) met également en évidence une séparation entre les sous-espèces de la FJR. Il est intéressant de noter que certains individus de G. g. murghi (répartis dans le nord du sous-continent indien) et de G. g. jabouillei (confinés au sud de la Chine et au Nord du Vietnam) se regroupent.

Les analyses indiquent que toutes les sous-espèces de RJF sont génétiquement différenciées, ce qui correspond généralement à leurs aires géographiques et à leurs classifications taxonomiques. Des cinq sous-espèces de RJF, les individus de G. g. spadiceus sont les plus étroitement apparentés à toutes les populations de poulets domestiques

En combinant la nature monophylétique de tous les poulets domestiques, les résultats de ces analyses suggèrent collectivement que les poulets ont probablement été domestiqués à l’Holocène à partir de la sous-espèce de G. g. spadiceus de RJF.

« Nos résultats contredisent les affirmations précédentes selon lesquelles les poulets auraient été domestiqués au néolithique du nord de la Chine et dans la civilisation de la vallée de l’Indus (sur la base de restes présumés de poulets trouvés sur le site de Mohenjo-Daro au Pakistan). Cependant, une PCA montre que les échantillons de G. g. murghi provenant de l’extrême ouest de l’Inde du Nord ont montré une divergence plus profonde des poulets que les oiseaux restants de G. g. murghi collectés dans le nord-est de l’Inde « , lit-on dans le document.