La grippe de chameau est au centre des épidémies de MERS

La persistance du syndrome respiratoire du Moyen-Orient dans la péninsule arabique est le résultat de pics répétés de nouvelles souches du virus incubées chez des chameaux, selon de nouvelles recherches.

Le coronovirus MERS, apparu en Arabie Saoudite en 2012, a infecté plus de 1 600 personnes, dont près de 600 mortelles. La majorité des cas ont été signalés au Moyen-Orient, et bien que des infections aient été signalées dans des pays d’Europe, d’Asie et d’Afrique, elles proviennent toutes de la région.

De plus en plus de preuves indiquent que les chameaux à une bosse sont les hôtes intermédiaires de la propagation du MERS, mais cela n’a pas encore été défini. La question est sensible en raison de l’importance culturelle et économique des animaux pour la région.

Maintenant, cinq lignées majeures de MERS-CoV communes aux chameaux et aux humains ont été identifiées grâce à une analyse phylogénétique par une équipe de scientifiques d’Arabie saoudite, d’Égypte, d’Australie et de Hong Kong.

La recherche publiée dans Science1 suggère que plusieurs souches de MERS-CoV ont co-circulé à des taux de prévalence élevés avec des co-infections fréquentes chez les chameaux, produisant de nouvelles lignées d’infection.

L’infection humaine s’est produite lors de transmissions distinctes à chaque stade où une nouvelle lignée de chameaux s’est développée.

« Cet article fournit la couverture la plus étendue de l’évolution du coronavirus MERS chez les chameaux, qui sont les hôtes actifs de la propagation de ce virus à l’homme. Notre travail permet d’avoir une image plus claire du développement du MERS dans son hôte réservoir ”, explique Yi Guan, directeur du Laboratoire Clé d’État des maladies infectieuses émergentes et du Centre de recherche sur la grippe de l’Université de Hong Kong, et co-auteur de l’article.

Des séquences de génome provenant de bases de données publiques ont été combinées avec 67 génomes séquencés à partir d’écouvillons positifs au MERS prélevés sur des chameaux dans des abattoirs, des fermes ou des marchés de gros à Jeddah, Riyad et Taëf entre mai 2014 et avril 2015. Plus de la moitié de ces chameaux étaient également infectés par le coronavirus alpha des camélidés, et deux des chameaux avaient une troisième co-infection à bétacoronavirus.

Le MERS-CoV de chameaux d’Arabie saoudite a été trouvé dans chacune des cinq lignées.

Les virus séquencés à partir des écouvillons ont été associés aux lignées les plus récentes et montrent que la dernière version du MERS, la lignée 5, a évolué chez les chameaux à partir de virus recombinants comprenant différentes parties des lignées 3 et 4.

La lignée 5 est associée à des infections récentes en Corée du Sud, qui a connu une épidémie virulente de MERS de mai à juillet de cette année, après qu’un patient a contracté le virus lors d’un voyage au Moyen-Orient et est tombé malade à son retour chez lui.

Les données phylogénétiques suggèrent que le virus infectant ce patient a été obtenu à partir de chameaux, en raison de la forte similitude avec un virus de chameau échantillonné par l’équipe en mars 2015, bien que les détails exacts de la transmission ne soient pas clairs.

« Cet article confirme sans ambiguïté le rôle des dromadaires dans le maintien du MERS-CoV dans la Péninsule arabique au cours des dernières années. Cela montre que les cas humains depuis 2013 sont le résultat de sauts répétés de chameaux avec une transmission humaine à humaine limitée ”, explique Andrew Rambaut, titulaire de la chaire personnelle en évolution moléculaire à l’Université d’Édimbourg.

Ce que cette recherche signifie, c’est que la meilleure forme de contrôle du MERS cette saison est le contrôle du virus dans les populations de chameaux et l’interaction humaine avec eux.

« Le virus MERS est répandu chez les chameaux et plus répandu chez les chameaux plus jeunes”, explique Yi Guan. « Cela souligne clairement la nécessité d’une plus grande séparation des chameaux et des humains, en particulier des jeunes. Des mesures renforcées de quarantaine et de biosécurité devraient être mises en œuvre. »

Yi Guan ajoute que les virus de type MERS semblent être présents chez les chameaux depuis un certain temps », il convient donc d’identifier ce qui a conduit à l’apparition de ces infections humaines et pourquoi ce virus provoque une maladie aussi grave. »

Mais la clé pour comprendre les bases du MERS à l’avenir, selon Andrew Rambaut, réside dans l’étude de la maladie en tant que maladie du bétail — grâce à une surveillance systématique et continue du virus chez les chameaux.