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La tuberculose est l’une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde, avec environ deux milliards de personnes infectées et environ deux millions de décès annuels qui lui sont attribuables. En 2010, il y avait environ 8,8 millions de cas incidents de tuberculose (fourchette de 8,5 à 9,2 millions) dans le monde, soit 128 cas pour 100 000 habitants, et environ 12,0 millions de cas prévalents (fourchette de 11,0 à 14,0 millions) de tuberculose. Cela équivaut à 178 cas pour 100 000 habitants. Ainsi, environ 1,4 million de personnes (fourchette, 1,2-1.5 millions) sont morts de tuberculose en 20101. Les directives actuelles de l’Organisation Mondiale de la Santé1 et de l’Union Internationale contre la tuberculose et les maladies pulmonaires (L’Union)2 précisent que l’étape essentielle de l’investigation des patients soupçonnés d’être atteints de tuberculose pulmonaire devrait être l’examen microscopique de leurs échantillons d’expectorations. La norme 2 des Normes internationales pour les soins de la tuberculose stipule catégoriquement que tous les patients (adultes, adolescents et enfants capables de produire des expectorations) soupçonnés d’avoir une tuberculose pulmonaire doivent avoir au moins deux, et de préférence trois, échantillons d’expectorations obtenus pour un examen microscopique3. Cependant, à l’ère actuelle du diagnostic moléculaire, où se situe la microscopie des frottis d’expectoration? Il est important de considérer le rôle de la microscopie par frottis, en particulier compte tenu de la récente approbation par l’OMS du nouveau test d’amplification rapide et automatisé des acides nucléiques, Xpert MTB / RIF2.

La microscopie par frottis d’expectorations a été la principale méthode de diagnostic de la tuberculose pulmonaire dans les pays à revenu faible et moyen3, où se produisent près de 95 % des cas de tuberculose et 98 % des décès dus à la tuberculose. C’est une technique simple, rapide et peu coûteuse qui est très spécifique dans les zones à très forte prévalence de la tuberculose3. Il identifie également les patients les plus infectieux et est largement applicable dans diverses populations à différents niveaux socio-économiques3,4,5. Elle fait donc partie intégrante de la stratégie mondiale de lutte contre la tuberculose. Cependant, la microscopie à frottis d’expectoration présente des limites importantes dans ses performances. La sensibilité est gravement compromise lorsque la charge bactérienne est inférieure à 10 000 organismes / ml d’échantillon d’expectorations. Il a également de piètres antécédents en matière de tuberculose extra-pulmonaire, de tuberculose pédiatrique et de patients co-infectés par le VIH et la tuberculose6,7. En raison de l’exigence d’examens en série des expectorations, certains patients qui ne reviennent pas pour des examens répétés des expectorations deviennent des « défaillants diagnostiques”8. Certains ne reviennent pas pour obtenir des résultats et sont perdus pour le traitement et le suivi. Une observation personnelle a montré que des ressources limitées, un grand nombre d’échantillons, tous combinés ensemble réduisent souvent le temps d’observation par lame à moins de 60 secondes, ce qui contribue également à réduire la sensibilité du test. Par conséquent, les techniques d’optimisation de la microscopie à frottis sont à l’étude active. On a tenté de réduire les défauts de diagnostic en évaluant la faisabilité du diagnostic de la tuberculose pulmonaire en prélevant deux échantillons d’expectorations sur une seule journée (protocole de 1 jour) et en comparant ce protocole avec la politique nationale de collecte d’échantillons sur des jours consécutifs (protocole de 2 jours). Il a été estimé que le protocole de 2 jours ne présentant pas de différence statistiquement significative de performance diagnostique par rapport au protocole de 1 jour, ce dernier pourrait être adopté comme protocole alternatif, en particulier pour les patients plus susceptibles de faire défaut.9.

La microscopie à fluorescence a été introduite dans les années 1930, dans le but d’améliorer les résultats de la microscopie par frottis. Des colorants fluorochromes sont utilisés pour tacher le frottis. Une lampe halogène ou à vapeur de mercure à haute pression est traditionnellement utilisée pour exciter le colorant et le rendre flou. Une méta-analyse d’études comparant la microscopie fluorescente et la microscopie conventionnelle a révélé que la sensibilité de la microscopie fluorescente était supérieure de 10% à celle de la microscopie conventionnelle et qu’elle restait élevée même après la concentration des échantillons3. La sensibilité s’est avérée plus élevée, en particulier dans les expectorations positives à frottis de bas grade. Cependant, les estimations de la spécificité étaient similaires à celles de la microscopie conventionnelle, bien que les délais d’exécution soient plus courts. Cette méta-analyse a conclu que la mise en œuvre réussie et généralisée de la microscopie à fluorescence pourrait améliorer la recherche de cas grâce à une augmentation attendue de la sensibilité et à une diminution du temps consacré à l’examen microscopique. Bien que la microscopie à fluorescence augmente la sensibilité de la microscopie par frottis d’expectorations, des données supplémentaires sur la spécificité et sur les conséquences cliniques associées aux résultats faussement positifs sont nécessaires pour guider la mise en œuvre de cette technologie dans des paramètres de prévalence élevée du VIH.10. Les contraintes de coûts sont des problèmes majeurs avec la microscopie fluorescente. Cela peut être contourné par l’utilisation de diodes électroluminescentes (DEL) qui coûtent moins de 10 % d’une lampe à vapeur de mercure. Avec une durée de vie > de 50 000 h, il peut fonctionner sur batteries et a donc été utilisé dans des zones périphériques présentant des avantages opérationnels définits11.

Les méthodes basées sur la culture rapide pour le diagnostic de la tuberculose comprennent la culture liquide automatisée rapide, où les résultats peuvent être disponibles en quelques semaines12; la culture de gélose en couche mince, qui a un temps de rotation moyen de 11,5 jours13, et le Dosage de sensibilité aux médicaments par observation microscopique (MODS), qui peut fournir des résultats en moyenne 9,2 jours13. Les tests à base de phages donnent des résultats en 2 jours14. Bien que les indicateurs de performance de ces techniques puissent être meilleurs que ceux de la microscopie à frottis, les délais d’exécution sont plus longs. Il existe également des exigences en termes d’investissement dans les infrastructures et les équipements, ce qui entraîne des coûts plus élevés par test.

Les tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN) tentent de fournir un diagnostic précis et rapide de la tuberculose en utilisant une technologie qui fournit des fonctions de sensibilité et de spécificité améliorées par rapport à la microscopie par frottis d’expectoration. Malheureusement, les TAAN ont des besoins en infrastructures et en investissements qui dépassent souvent le cadre de la plupart des installations de diagnostic qui offrent des diagnostics de la tuberculose aux communautés, en particulier dans les pays en développement. Alors que la plupart des TAAN sont incapables de correspondre à l’accessibilité de la microscopie de frottis d’expectoration, l’amplification isotherme à médiation par boucle (LAMP) est un TAAN, qui a le potentiel d’être accessible et rentable. La LAMP est en cours d’évaluation comme test au point de service pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire. Les caractéristiques de performance globales de la microscopie à frottis à la LAMPE et à la fluorescence semblent globalement similaires. Cependant, la performance de la LAMPE dans les échantillons négatifs de frottis n’a pas été jugée tout à fait acceptable15. De plus, des tests de culture et de sensibilité aux médicaments seront toujours nécessaires pour surveiller l’évolution de la maladie.

Au fur et à mesure des réalités du terrain, il faudra beaucoup de temps avant que le nouveau TAAN sur le bloc, Xpert MTB / RIF, puisse être suffisamment décentralisé pour remplacer la microscopie à frottis comme test de diagnostic. Cela est particulièrement vrai dans les zones géographiques à forte prévalence de tuberculose multirésistante ou de co-infections VIH/ TUBERCULOSE, car la plupart de ces zones se trouvent dans des zones peu développées des pays à faible revenu, avec une disponibilité irrégulière d’électricité et d’eau, ainsi qu’une infrastructure peu développée pour l’approvisionnement ininterrompu en consommables et leur stockage. Ironiquement, ce sont les domaines où Xpert a le potentiel d’avoir le maximum d’impact. Par conséquent, il faut également garder à l’esprit que la technologie Xpert MTB / RIF n’élimine pas le besoin de microscopie conventionnelle, de culture et de tests de sensibilité aux médicaments, qui sont nécessaires pour surveiller les progrès du traitement et détecter la résistance à d’autres médicaments que la rifampicine. En outre, les considérations de coût penchent en faveur de la microscopie par frottis comme outil initial de diagnostic et de dépistage de la tuberculose.

Par hypothèse, un test rapide et universellement accessible qui n’est pas affecté par le statut VIH, avec une sensibilité de 85% et une spécificité de 97 %, a le potentiel de sauver 392 000 vies ajustées par an, soit 22 % des décès dus à la tuberculose dans le monde16. Idéalement, pour pouvoir diagnostiquer efficacement la tuberculose, un test devrait être disponible dans les centres périphériques où les ressources sont limitées. Cet essai ne devrait nécessiter ni électricité, ni réfrigération, ni accès à de l’eau propre. Il devrait être largement disponible, convivial, avec une exigence de formation minimale, voire nulle. Les résultats devraient être disponibles dans l’heure, et il devrait avoir une sensibilité élevée, une spécificité et des valeurs prédictives positives et négatives. La technologie doit être robuste et résister à l’épreuve du temps. Le test de diagnostic devrait relever le défi de rendre le diagnostic efficace de la tuberculose accessible aux populations qui en ont le plus besoin, mais qui en ont le moins les moyens.

Actuellement, un tel test de diagnostic n’existe pas. Cependant, à partir de maintenant, le plus proche est la microscopie à frottis d’expectorations. Jusqu’à ce qu’un test de diagnostic aussi efficace au point de service soit disponible; peut-être que la microscopie à frottis d’expectorations est là pour rester.18