Qu’est-ce qu’un navigateur génomique et pourquoi en avons-nous besoin?

Dans cette étape, nous introduisons les navigateurs génomiques, qui sont des outils révolutionnaires qui nous aident à comprendre les gènes dans le contexte de génomes entiers.

Un navigateur génomique est un programme informatique qui affiche des données génomiques de manière conviviale. Il prend généralement des fichiers très volumineux, tels que des fichiers FASTA du génome entier et les affiche de manière à ce que nous, les utilisateurs, puissions donner un sens aux informations qui s’y trouvent. Dans la plupart des cas, les navigateurs génomiques sont conçus pour intégrer différents types de données représentées dans différents types de fichiers de données. Par exemple, les fichiers d’annotation, ceux qui contiennent des informations sur l’emplacement des gènes dans le génome, peuvent également être chargés dans un navigateur génomique afin que nous puissions inspecter visuellement l’emplacement des gènes. Ceci est important car nous pouvons interpréter les résultats de manière plus intuitive lorsque nous pouvons voir les informations dans un contexte génomique et non isolément (c’est-à-dire une seule séquence de gènes).

Il existe de nombreux navigateurs génomiques disponibles. Ce qu’ils peuvent faire dépend des tâches nécessaires aux chercheurs et à la communauté qui utilise le navigateur. Beaucoup d’entre eux sont accessibles directement à partir d’Internet et ils sont capables d’afficher des informations provenant d’organismes couramment recherchés ou recherchés. Par exemple, lors de l’avènement du Projet sur le génome humain, l’Université de Californie à Santa Cruz a développé le navigateur du génome UCSC. De nos jours, il affiche des informations non seulement pour le génome humain, mais aussi pour de nombreux autres organismes tels que les vers et les mouches.

Dans ce cours, nous allons utiliser un navigateur de génome conçu spécifiquement pour une utilisation avec des génomes bactériens. Son nom est Artemis, et plutôt que de l’utiliser en ligne, nous l’installerons sur nos ordinateurs et l’exécuterons « localement”.

Mais avant de procéder au téléchargement et à l’installation d’Artemis, découvrons sa création et ses fonctionnalités clés.