Mi az a genom böngésző, és miért van szükségünk rá?

ebben a lépésben bemutatjuk a genom böngészőket, amelyek forradalmi eszközök, amelyek segítenek megérteni a géneket a teljes genomok összefüggésében.

a genom böngésző olyan számítógépes program, amely felhasználóbarát módon jeleníti meg a genomi adatokat. Általában nagyon nagy fájlokat vesz igénybe, mint például a teljes genome FASTA fájlokat, és úgy jeleníti meg őket, hogy mi, felhasználók értsük az ott található információkat. A legtöbb esetben a genom böngészőket úgy tervezték, hogy integrálják a különböző típusú adatfájlokban megjelenített különböző típusú adatokat. Például az annotációs fájlok, amelyek információkat tartalmaznak a gének genomban való elhelyezkedéséről, szintén betölthetők egy genomböngészőbe, így vizuálisan megvizsgálhatjuk a gének helyét. Ez azért fontos, mert intuitívabban tudjuk értelmezni az eredményeket, ha az információkat genomikai kontextusban látjuk, nem pedig elszigetelten (azaz egyetlen génszekvenciában).

számos genomböngésző áll rendelkezésre. Az, hogy mit tehetnek, attól függ, hogy milyen feladatokra van szükség a kutatóknak és a böngészőt használó közösségnek. Sok közülük közvetlenül az internetről érhető el, és képesek megjeleníteni a gyakran keresett vagy kutatott organizmusoktól származó információkat. Például az emberi genom projekt megjelenésekor a kaliforniai Santa Cruz Egyetem kifejlesztette az UCSC Genom böngészőt. Manapság nemcsak az emberi genomról, hanem sok más organizmusról, például férgekről és legyekről is információkat jelenít meg.

ebben a kurzusban egy genom böngészőt fogunk használni, amelyet kifejezetten bakteriális genomokkal való használatra terveztek. A neve Artemis, és ahelyett, hogy online használnánk, telepítjük a számítógépünkre, és “helyben”futtatjuk.

de mielőtt folytatnánk az Artemis letöltését és telepítését, ismerkedjünk meg annak létrehozásával és főbb jellemzőivel.