RNS-szekvenálás Vs. mikroarray

Ez a technológiai kapcsoló a génexpressziós profilozásban nem meglepő, figyelembe véve, hogy az RNS-seq mit tesz lehetővé:

• új, nem jegyzett gének kimutatása
• szekvencia szintű változások kimutatása (kódoló régiómutációk, génfúziók, A-to-I szerkesztési események)
• alternatív splicing események kimutatása, még újszerűek is, ellentétben a standard mikroarrays-szel
• szélesebb dinamikatartomány, a szekvenálási mélység szabályozásával állítható
• nem referencia organizmusok expressziós profilozása (kevésbé egyszerű, de képes!), és így tovább.

a legtöbb esetben a minta expressziós profiljának megszerzése még mindig kissé olcsóbb lenne mikroarray-k használatával az RNS-szekvenálás helyett, a különbség mintánként 50-100 EUR/USD tartományban van. Az RNS-seq előnyei azonban könnyen meghaladhatják az extra költségeket.

ennek ellenére a mikro sugarak nem tűntek el teljesen. Rendszeresen elemezzük a mikroarray expressziós adatokat ügyfeleink számára (bár nem annyira, mint az RNS-seq). Az expressziós méréseket tervező kutatók még mindig gyakran kérdezik véleményünket arról, hogy melyik technológiát kell használni.

az igazi kérdés itt: mikor, ha valaha, van értelme mikrorétegeket használni az RNS-szekvenálás helyett?

néha van értelme. Jó oka lehet arra, hogy ragaszkodjon a mikroarray-khez, ha 1) a fent felsorolt paraméterek egyike sem kritikus, és/vagy 2) az alábbiak egyike érvényes:

• microarray alapú diagnosztikai tesztet használ bizonyított klinikai segédprogrammal,
• nagyszámú mintája van, és a költség kritikus,
• azt szeretné, hogy a kifejezési profilokat közvetlenül összehasonlíthassa ugyanazon tömb platform másik microarray adatkészletével, vagy
• van egy futó microarray munkafolyamat házon belül (vagy megbízható partnerekkel) a mintagyűjtéstől az adatelemzésig, amellyel elégedett vagy

végül egy pont, amely a egy bioinformatikai szempontból, hogy érdemes megfontolni: ha van egy kutató a csapatában, aki az adatokat felhasználja a bioinformatika megtanulására, ne feledje, hogy az RNS-seq Adatelemzés mindenképpen hasznosabb készség a modern (és a jövőben!) labs mint microarray elemzés.

a fenti listák segítenek az RNS-seq vs.microarray döntés meghozatalában. Azonban mindig érdemes megbeszélést folytatni egy bioinformatikussal vagy mérési szolgáltatóval annak érdekében, hogy kiválassza azt a platformot, amely a legjobban megfelel az Ön biológiai anyagának, kutatási kérdéseinek és költségvetésének.

Tudjon meg többet a szolgáltatási modellről, vagy vegye fel velünk a kapcsolatot, hogy megtudja, hogyan tudunk segíteni!