Che cosa è un browser genoma e perché abbiamo bisogno di uno?

In questa fase, introduciamo genome browsers, che sono strumenti rivoluzionari che ci aiutano a capire i geni nel contesto di interi genomi.

Un genome browser è un programma per computer che visualizza i dati genomici in modo user-friendly. Ci vogliono in genere i file molto grandi, come file intero genoma FASTA e li visualizza in un modo che gli utenti possono dare un senso delle informazioni lì. Nella maggior parte dei casi, i browser genoma sono progettati per integrare diversi tipi di dati rappresentati in diversi tipi di file di dati. Ad esempio, i file di annotazione, quelli che contengono informazioni sulla posizione dei geni nel genoma, possono anche essere caricati in un browser genoma in modo da poter ispezionare visivamente la posizione dei geni. Questo è importante perché possiamo interpretare i risultati in modo più intuitivo quando possiamo vedere le informazioni in un contesto genomico e non in isolamento (cioè una singola sequenza genica).

Ci sono molti browser genoma disponibili. Quello che possono fare dipende dai compiti che sono necessari per i ricercatori e la comunità che fa uso del browser. Molti di essi sono accessibili direttamente da Internet e sono in grado di visualizzare informazioni provenienti da organismi comunemente ricercati o ricercati. Ad esempio, sull’avvento del progetto Genoma umano, l’Università della California Santa Cruz ha sviluppato il browser UCSC genome. Al giorno d’oggi visualizza informazioni non solo per il genoma umano, ma anche per molti altri organismi come vermi e mosche.

In questo corso ci accingiamo a utilizzare un browser genoma progettato specificamente per l’uso con genomi batterici. Il suo nome è Artemis, e piuttosto che usarlo online, lo installeremo sui nostri computer ed eseguiremo “localmente”.

Ma prima di procedere a scaricare e installare Artemis, impariamo a conoscere la sua creazione e le sue caratteristiche chiave.