IMGT Aide-m larsmoire
ladning, brint donor og acceptor atomer, og polaritet af aminosyren sidekæder
- ladning af aminosyren sidekæder
- brint donor og acceptor atomer af aminosyren sidekæder
- polaritet af aminosyren sidekæder
ladning af aminosyren sidekæder
ladede sidekæder
ladningen på aminosyresidekæden afhænger af AA ‘ s PK (tabel 1) og af opløsningens pH.
- negativ ladet (sure sidekæder): asparaginsyre og glutaminsyre
ved en pH, der er bedre end deres pK (tabel 2), mister de carboksyliske kæder en H+ ion (proton)og er negativt ladede. De er derfor sure.
ved en pH, der er ringere end deres pK, er asparaginsyre-og glutaminsyresidekæderne uladede.
- Positive ladede (basale sidekæder): lysin, arginin og histidin
ved en pH, der er bedre end deres pK (tabel 2), er aminsidekæderne uladede.
ved en pH-værdi, der er ringere end deres pK, accepterer lysin -, arginin-og histidinesid-kæderne en H+ – ion (proton) og erpositiv ladet. De er derfor grundlæggende.
tabel 1: pK af aminosyresiden kæde gruppe.PK i sidekædegruppen er pH, hvor nøjagtigt halvdelen af en carboksylikoramingruppe er ladet.
| aminosyre | pK af sidekædegruppen |
|---|---|
| asparaginsyre | 3.9 |
| glutaminsyre | 4.2 |
| lysin | 10, 5 |
| arginin | 12, 5 |
| histidin | 6.0 |
argininsidekæden er meget grundlæggende, fordi dens positive ladning stabiliseres ved resonans.
de to nitrogener i histidin-sidekæden har en relativt svag affinitet for en H+og er kun delvist positive ved neutral pH.
tabel 2: ladning af aminosyresidekæderne.Kun sidekæderne vises.
ved pH=7 lades sidekæder af de 5 aminosyrer.
uladede sidekæder
femten AA har uladede sidekæder. De er: A, N, C, K, G, I, L, M, F, P, S, T, v, v.
Brintdonor-og acceptoratomer i aminosyresidekæderne
Klik her for aminosyreatomnomenklatur.
- 3 aminosyrer (arginin, lysin og tryptophan) har brintdonoratomer i deres sidekæder.
- 2 aminosyrer (asparaginsyre, glutaminsyre) har hydrogenacceptoratomer i deres sidekæde.
- 6 aminosyrer (asparagin, glutamin, histidin, serin, threonin og tyrosin) har både hydrogen donorog acceptoratomer i deres sidekæder.
tabel 3: Brintdonor-og acceptoratomer i aminosyresidekæder.
a mellem parenteser, antal “sp-hydrogener”, som et donoratom kan donere, hvis mere end et.b mellem parenteser, antal hydrogenbindinger, som et acceptoratom kan acceptere, hvis mere end en.
- 9 aminosyrer (alanin, cystein, glycin, isoleucin, leucin, methionin, phenylalanin, prolin, valin) har ingen brintdonor-eller acceptoratomer i deres sidekæder.
polariteten af aminosyresidekæderne
Aminosyresidekæder med brintdonor-og/eller acceptoratomer er polære
Aminosyresidekæder uden brintdonor-og/eller acceptoratomer er ikke-polære
der er 10 ikke-polære aminosyrer (inklusive tryptophan, på trods af et brintdonoratom): A, C, G, i, L, M, F, P, V, H.
disse ikke-polære aminosyrer:
- har tendens til at klynge deres sidekæder sammen i indersiden af proteiner.
- er ofte involveret i Van Der-interaktioner.
parrede cysteiner tillader disulfidbindinger.