¿Qué es un navegador de genoma y por qué lo necesitamos?

En este paso, presentamos los navegadores de genoma, que son herramientas revolucionarias que nos ayudan a comprender los genes en el contexto de genomas completos.

Un navegador genómico es un programa informático que muestra datos genómicos de una manera fácil de usar. Toma archivos típicamente muy grandes, como archivos FASTA de genoma completo y los muestra de una manera que los usuarios puedan entender la información allí. En la mayoría de los casos, los navegadores de genoma están diseñados para integrar diferentes tipos de datos representados en diferentes tipos de archivos de datos. Por ejemplo, los archivos de anotación, los que contienen información sobre la ubicación de los genes en el genoma, también se pueden cargar en un navegador del genoma para que podamos inspeccionar visualmente la ubicación de los genes. Esto es importante porque podemos interpretar los resultados de manera más intuitiva cuando podemos ver la información en un contexto genómico y no de forma aislada (es decir, una secuencia génica única).

Hay muchos navegadores de genoma disponibles. Lo que pueden hacer depende de las tareas que necesitan los investigadores y la comunidad que hace uso del navegador. A muchos de ellos se puede acceder directamente desde Internet y pueden mostrar información de organismos comúnmente buscados o investigados. Por ejemplo, con el advenimiento del Proyecto Genoma Humano, la Universidad de California en Santa Cruz desarrolló el navegador del genoma de la UCSC. Hoy en día, muestra información no solo para el genoma humano, sino también para muchos otros organismos, como gusanos y moscas.

En este curso vamos a utilizar un navegador de genomas diseñado específicamente para su uso con genomas bacterianos. Su nombre es Artemis, y en lugar de usarlo en línea, lo instalaremos en nuestros equipos y lo ejecutaremos «localmente».

Pero antes de proceder a descargar e instalar Artemis, aprendamos sobre su creación y sus características clave.