Hva er en genome browser og hvorfor trenger vi en?

i Dette Trinnet introduserer vi genomlesere, som er revolusjonerende verktøy som hjelper oss å forstå gener i sammenheng med hele genomer.

en genomleser er et dataprogram som viser genomdata på en brukervennlig måte. Det tar vanligvis svært store filer, for eksempel hele genome FASTA-filer og viser dem på en måte som vi brukere kan gi mening om informasjonen der. I de fleste tilfeller er genome nettlesere designet for å integrere ulike typer data representert i ulike typer datafiler. For eksempel kan annotasjonsfiler, de som inneholder informasjon om plasseringen av gener i genomet, også lastes inn i en genomleser, slik at vi visuelt kan inspisere plasseringen av gener. Dette er viktig fordi vi kan tolke resultatene mer intuitivt når vi kan se informasjon i en genomisk sammenheng og ikke isolert (dvs.en enkelt gensekvens).

det finnes mange genomlesere tilgjengelig. Hva de kan gjøre, avhenger av oppgavene som trengs av forskerne og samfunnet som bruker nettleseren. Mange av dem kan nås direkte fra internett, og de er i stand til å vise informasjon fra ofte søkte eller forsket organismer. For eksempel, ved adventen Av Human Genome Project, Utviklet University Of California Santa Cruz UCSC genome browser. I dag viser det informasjon ikke bare for det menneskelige genomet, men også for mange andre organismer som ormer og fluer.

I dette kurset skal vi bruke en genomleser designet spesielt for bruk med bakterielle genomer. Navnet Er Artemis, og i stedet for å bruke det på nettet, installerer vi det på våre datamaskiner og kjører det «lokalt».

Men før vi fortsetter å laste Ned Og installere Artemis, la oss lære om opprettelsen og dens nøkkelfunksjoner.