imgt Aide-mé

Ladning, hydrogen donor og akseptoratomer, og polaritet av aminosyresidekjedene

• Ladning av aminosyresidekjedene
• Hydrogen donor og akseptoratomer av aminosyresidekjedene
• Polaritet av aminosyresidekjedene

Ladning av aminosyresidekjedene

LADEDE SIDEKJEDER

Ladningen på aminosyresidekjeden avhenger av pk av aa (Tabell 1) og på ph i løsningen.

1. Negativ ladet (sure sidekjeder): asparaginsyre og glutaminsyre
   ved en pH som er bedre enn deres pK (Tabell 2), mister karboksylicside-kjedene En h + ion (proton)og er negativt ladet. De er derfor sure.

   

   ved en pH dårligere enn deres pK, er asparaginsyre og glutaminsyre sidekjedene uladet.

2. Positive ladede (grunnleggende sidekjeder): lysin, arginin og histidin
   ved en pH som er høyere enn deres pK (Tabell 2), er aminsidekjedene uladede.
   ved en pH dårligere enn deres pK, lysin, arginin og histidineside kjeder akseptere En h+ ion (proton) og arepositive ladet. De er derfor grunnleggende.

   

Tabell 1: pK av aminosyresidekjedegruppen.PK i sidekjedegruppen er pH hvor nøyaktig halvparten av en karboksylikoramingruppe er ladet.

argininsidekjeden er veldig grunnleggende fordi den positive ladningen stabiliseres av resonans.

de to nitrogenene i histidin-sidekjeden har en relativt svak affinitet for en H+og er bare delvis positive ved nøytral pH.

Tabell 2: Ladning av aminosyre-sidekjedene.Bare sidekjedene vises.

ved pH = 7 blir sidekjeder av de 5 aminosyrene ladet.

Uladede sidekjeder

Femten AA har uladede sidekjeder. De er: A, N, C, Q, G, I, L, M, F, P, S, T, W, Y, V.

Hydrogen donor og akseptor atomer av aminosyren sidekjedene

Klikk her For Aminosyre atomer nomenklatur.

• 3 aminosyrer (arginin, lysin og tryptofan) har hydrogen donoratomer i sine sidekjeder.
• 2 aminosyrer (asparaginsyre, glutaminsyre) har hydrogenacceptor atomer i deres sidekjede.
• 6 aminosyrer (asparagin, glutamin, histidin, serin, treonin og tyrosin) har både hydrogen donorog akseptoratomer i deres sidekjeder.

Tabell 3: Hydrogen donor og akseptoratomer i aminosyre sidekjeder.

A Mellom parenteser, antall «sp hydrogen» som et donoratom kan donere, hvis mer enn ett.
b Mellom parenteser, antall hydrogenbindinger som et akseptoratom kan akseptere, hvis mer enn ett.9 aminosyrer (alanin, cystein, glycin, isoleucin, leucin, metionin, fenylalanin, prolin, valin) har ingen hydrogendonor eller akseptoratomer i deres sidekjeder.

Polaritet av aminosyre sidekjeder

Aminosyre sidekjeder med hydrogen donor og/eller akseptoratomer er polare

Aminosyre sidekjeder uten hydrogen donor og/eller akseptoratomer er ikke-polare

Det er 10 ikke-polare aminosyrer (inkludert tryptofan, til tross for et hydrogen donoratom): A, C, G, i, L, M, F, P, V, W.

disse ikke-polare aminosyrene:

• har en tendens til å klynge sine sidekjeder sammen i innsiden av proteiner.
• er ofte engasjert I van Der Waals interaksjoner.

Parede cysteiner tillater disulfidbindinger.