Rna-Sekvensering Vs. Microarrays

denne teknologiske bryteren i genuttrykk profilering er ingen overraskelse, vurderer HVA RNA-seq muliggjør:

• påvisning av nye, uannoterte gener
• påvisning av sekvensnivåendringer (kodende regionmutasjoner, genfusjoner, a-til-I-redigeringshendelser)
• påvisning av alternative spleisingshendelser, til og med nye, i motsetning til standard mikroarrays
• et bredere dynamisk område, justerbart ved å kontrollere sekvensdybden
• ekspresjonsprofilering av ikke-referanseorganismer (mindre grei, men gjør-stand!) , og så videre.

i de fleste tilfeller vil det fortsatt være litt billigere å skaffe uttrykksprofilen til prøven ved å bruke mikroarrays i stedet for RNA-sekvensering, forskjellen ligger i området 50 til 100 EUR/USD per prøve. Fordelene MED RNA-seq kan imidlertid enkelt oppveie ekstrakostnaden.

til tross for dette har mikroarrays ikke forsvunnet helt. Vi analyserer jevnlig microarray expression data for våre kunder (om enn ikke så MYE SOM RNA-seq). Forskere som planlegger uttrykksmålinger spør fortsatt ofte vår mening om hvilken teknologi som skal brukes.

det virkelige spørsmålet her er: når, om noen gang, er det fornuftig å bruke mikroarrays i stedet for RNA-sekvensering?

Noen ganger er det fornuftig. Du kan ha en god grunn til å holde fast i mikroarrays, hvis 1) ingen av parametrene nevnt ovenfor er kritisk, og/eller 2) ett av følgende gjelder: