Co to jest przeglądarka genomu i dlaczego jej potrzebujemy?

w tym kroku Wprowadzamy przeglądarki genomów, które są rewolucyjnymi narzędziami, które pomagają nam zrozumieć geny w kontekście całych genomów.

przeglądarka genomu to program komputerowy, który wyświetla dane genomowe w przyjazny dla użytkownika sposób. Zajmuje zazwyczaj bardzo duże pliki, takie jak całe pliki genome FASTA i wyświetla je w taki sposób, że my użytkownicy mogą mieć sens informacji tam. W większości przypadków przeglądarki genome są przeznaczone do integracji różnych typów danych reprezentowanych w różnych typach plików danych. Na przykład pliki adnotacji, te, które zawierają informacje o lokalizacji genów w genomie, mogą być również ładowane do przeglądarki genomu, dzięki czemu możemy wizualnie sprawdzić lokalizację genów. Jest to ważne, ponieważ możemy interpretować wyniki bardziej intuicyjnie, gdy widzimy informacje w kontekście genomowym, a nie w izolacji (tj. pojedynczej sekwencji genów).

dostępnych jest wiele przeglądarek genomowych. To, co mogą zrobić, zależy od zadań, które są potrzebne badaczom i społeczności, która korzysta z przeglądarki. Wiele z nich można uzyskać bezpośrednio z Internetu i są one w stanie wyświetlić informacje z powszechnie wyszukiwanych lub badanych organizmów. Na przykład, po pojawieniu się Human Genome Project, Uniwersytet Kalifornijski Santa Cruz opracował przeglądarkę genomu UCSC. Obecnie wyświetla informacje nie tylko dla ludzkiego genomu, ale także dla wielu innych organizmów, takich jak robaki i muchy.

w tym kursie użyjemy przeglądarki genomu zaprojektowanej specjalnie do użytku z genomami bakteryjnymi. Nazywa się Artemis i zamiast używać go online, zainstalujemy go na naszych komputerach i uruchomimy „lokalnie”.

ale zanim przejdziemy do pobierania i instalowania Artemis, dowiedzmy się o jego tworzeniu i jego kluczowych cechach.