IMGT Aide-mémoire
ładunek, Atomy donora i akceptora wodoru oraz polaryzacja łańcuchów bocznych aminokwasów
- ładunek łańcuchów bocznych aminokwasów
- Atomy donora i akceptora wodoru łańcuchów bocznych aminokwasów
- Polaryzacja łańcuchów bocznych aminokwasów
ładunek łańcuchów bocznych aminokwasów
naładowane łańcuchy boczne
ładunek na łańcuchu bocznym aminokwasu zależy od PK AA (Tabela 1) i od pH roztworu.
- naładowane ujemnie (kwaśne łańcuchy boczne): kwas asparaginowy i kwas glutaminowy
przy pH wyższym niż ich pK (Tabela 2), łańcuchy karboksylowe tracą jon H+ (proton)i są naładowane ujemnie. Są więc kwasowe.
przy pH niższym od pK łańcuchy boczne kwasu asparaginowego i kwasu glutaminowego nie są obciążone.
- naładowane dodatnio (podstawowe łańcuchy boczne): lizyna, arginina i histydyna
przy pH przewyższającym ich pK (Tabela 2), łańcuchy boczne Amin nie są naładowane.
przy pH niższym od ich pK łańcuchy lizyny, argininy i histydyny przyjmują jon H+ (proton) i są naładowane. Są więc podstawowe.
Tabela 1: pK grupy łańcuchów bocznych aminokwasów.PK grupy łańcuchów bocznych jest pH, przy którym naładowana jest dokładnie połowa grupy karboksylokoraminowej.
| aminokwas | pK grupy łańcuchów bocznych |
|---|---|
| kwas asparaginowy | 3,9 |
| kwas glutaminowy | 4,2 |
| lizyna | 10, 5 |
| arginina | 12, 5 |
| histydyna | 6.0 |
łańcuch boczny argininy jest bardzo prosty, ponieważ jego ładunek dodatni jest stabilizowany przez rezonans.
dwa nitrogeny łańcucha bocznego histydyny mają stosunkowo słabe powinowactwo do H+i są tylko częściowo dodatnie przy neutralnym pH.
Tabela 2: ładunek łańcuchów bocznych aminokwasów.Pokazane są tylko łańcuchy boczne.
przy pH=7 ładowane są łańcuchy boczne 5 aminokwasów.
Niezaładowane łańcuchy boczne
Są to: a, N, C, Q, G, I, L, M, F, P, S, T, W, Y, V.
donory i akceptory wodoru w łańcuchach bocznych aminokwasów
Kliknij tutaj, aby zobaczyć nazewnictwo atomów aminokwasów.
- 3 aminokwasy (arginina, lizyna i tryptofan) mają Atomy donora wodoru w łańcuchach bocznych.
- 2 aminokwasy (kwas asparaginowy, kwas glutaminowy) mają Atomy akceptora wodoru w łańcuchu bocznym.
- 6 aminokwasów (asparagina, glutamina, histydyna, seryna, treonina i tyrozyna) ma w łańcuchach bocznych zarówno Atomy donoru, jak i akceptora wodoru.
Tabela 3: atomy donora i akceptora wodoru w łańcuchach bocznych aminokwasów.
a między nawiasami liczba „sp”, którą może oddać ATOM dawcy, jeśli jest ich więcej niż jeden.
b między nawiasami liczba wiązań wodorowych, które ATOM akceptora może przyjąć, jeśli jest ich więcej niż jeden.
- 9 aminokwasów (alanina, cysteina, glicyna, izoleucyna, leucyna, metionina, fenyloalanina, prolina, walina) nie ma w łańcuchach bocznych atomów donora lub akceptora wodoru.
Polaryzacja łańcuchów bocznych aminokwasów
łańcuchy boczne aminokwasów z atomami donora i/lub akceptora wodoru są polarne
łańcuchy boczne aminokwasów bez atomów donora i/lub akceptora wodoru są niepolarne
istnieje 10 niepolarnych aminokwasów (w tym tryptofan, pomimo atomu donora wodoru): a, C, G, i, L, M, F, P, V, W.
te nonpolarne aminokwasy:
- mają tendencję do skupiania łańcuchów bocznych we wnętrzu białek.
- są często zaangażowane w interakcje Van der Waalsa.
sparowane cysteiny umożliwiają wiązania dwusiarczkowe.