sekwencjonowanie RNA Vs. mikromacierze

ta technologiczna zmiana w profilowaniu ekspresji genów nie jest zaskoczeniem, biorąc pod uwagę, co umożliwia RNA-seq:

• wykrywanie nowych, nieanonitowanych genów
• wykrywanie zmian na poziomie sekwencji (mutacje regionu kodującego, Fuzje genów, zdarzenia edycji A-to-I)
• wykrywanie alternatywnych zdarzeń splicingu, nawet nowych, w przeciwieństwie do standardowych mikromacierzy
• szerszy zakres dynamiczny, regulowany przez kontrolowanie głębokości sekwencjonowania
• profilowanie ekspresji organizmów niebędących referencjami (mniej proste, ale możliwe!) i tak dalej.

w większości przypadków uzyskanie profilu ekspresji próbki nadal byłoby nieco tańsze przy użyciu mikromacierzy zamiast sekwencjonowania RNA, różnica mieści się w zakresie od 50 do 100 EUR / USD na próbkę. Jednak korzyści z RNA-seq mogą z łatwością przewyższać dodatkowe koszty.

mimo to mikromacierze nie zniknęły całkowicie. Regularnie analizujemy dane ekspresji mikromacierzy dla naszych klientów (choć nie tak bardzo jak RNA-seq). Badacze planujący pomiary ekspresji wciąż często pytają nas, jaką technologię zastosować.

prawdziwe pytanie brzmi:: kiedy, jeśli w ogóle, ma sens używać mikromacierzy zamiast sekwencjonowania RNA?

czasami ma to sens. Możesz mieć dobry powód, aby trzymać się mikromacierzy, Jeśli 1) żaden z powyższych parametrów nie jest krytyczny i / lub 2) obowiązuje jeden z poniższych warunków:

• korzystasz z testu diagnostycznego opartego na mikromacierzy o sprawdzonej przydatności klinicznej,
• masz dużą liczbę próbek i koszt jest krytyczny,
• chcesz być w stanie porównać profile ekspresji bezpośrednio z innym zestawem danych mikromacierzy tej samej platformy tablicowej lub
• masz działający przepływ pracy mikromacierzy we własnym zakresie (lub z zaufanymi partnerami) od zbierania próbek do analizy danych, z których jesteś zadowolony

wreszcie, jeden wskaż z punktu widzenia bioinformatyka, który warto rozważyć: jeśli masz w swoim zespole badacza, który wykorzysta dane do nauki bioinformatyki, pamiętaj, że analiza danych RNA-seq jest zdecydowanie bardziej przydatną umiejętnością we współczesnym (i przyszłym!) labs niż analiza mikromacierzy.

powyższe listy powinny pomóc w podjęciu decyzji RNA-seq vs. microarray. Jednak zawsze opłaca się przeprowadzić dyskusję z bioinformatykiem lub dostawcą pomiarów, aby wybrać platformę, która najlepiej pasuje do twojego materiału biologicznego, pytań badawczych i budżetu.

Dowiedz się więcej o naszym modelu usług lub skontaktuj się z nami, aby dowiedzieć się, jak możemy Ci pomóc!