Ce este un browser genome și de ce avem nevoie de unul?

în acest pas, introducem browserele genomului, care sunt instrumente revoluționare care ne ajută să înțelegem genele în contextul genomurilor întregi.

un browser genomic este un program de calculator care afișează datele genomice într-un mod ușor de utilizat. Este nevoie de fișiere de obicei foarte mari, cum ar fi fișiere FASTA genomului întreg și le afișează într-un mod care ne utilizatorii pot face sens de informații acolo. În majoritatea cazurilor, browserele genome sunt concepute pentru a integra diferite tipuri de date reprezentate în diferite tipuri de fișiere de date. De exemplu, fișierele de adnotare, cele care conțin informații despre localizarea genelor în genom, pot fi, de asemenea, încărcate într-un browser de genom, astfel încât să putem inspecta vizual locația genelor. Acest lucru este important deoarece putem interpreta rezultatele mai intuitiv atunci când putem vedea informații într-un context genomic și nu izolat (adică o singură secvență genică).

există multe browsere genome disponibile. Ceea ce pot face depinde de sarcinile necesare cercetătorilor și comunității care utilizează browserul. Multe dintre ele pot fi accesate direct de pe internet și sunt capabile să afișeze informații de la organisme căutate sau cercetate în mod obișnuit. De exemplu, la apariția proiectului genomului uman, Universitatea din California Santa Cruz a dezvoltat browserul genomului UCSC. În zilele noastre afișează informații nu numai pentru genomul uman, ci și pentru multe alte organisme, cum ar fi viermii și muștele.

în acest curs vom folosi un browser de genom conceput special pentru utilizarea cu genomi bacterieni. Numele său este Artemis și, în loc să îl folosim online, îl vom instala pe computerele noastre și îl vom rula „local”.

dar înainte de a continua să descărcăm și să instalăm Artemis, să învățăm despre crearea și caracteristicile sale cheie.