secvențierea ARN Vs. Microarrays

Acest comutator tehnologic în profilarea expresiei genelor nu este o surpriză, având în vedere ce permite ARN-seq:

• detectarea genelor noi, neanotate
• detectarea modificărilor la nivel de secvență (mutații ale regiunii de codificare, fuziuni genetice, evenimente de editare A-to-I)
• detectarea evenimentelor alternative de îmbinare, chiar și a celor noi, spre deosebire de microarrays standard
• o gamă dinamică mai largă, reglabilă prin controlul adâncimii de secvențiere
• profilarea expresiei organismelor care nu sunt de referință (mai puțin simple, dar capabile!), și așa mai departe.

în majoritatea cazurilor, obținerea profilului de Expresie al eșantionului dvs. ar fi totuși puțin mai ieftină folosind microarrays în loc de secvențiere ARN, diferența fiind cuprinsă între 50 și 100 EUR/USD pe eșantion. Cu toate acestea, beneficiile ARN-seq pot depăși cu ușurință costul suplimentar.

în ciuda acestui fapt, microarrays nu au dispărut în întregime. Analizăm în mod regulat datele de Expresie microarray pentru clienții noștri (deși nu la fel de mult ca ARN-seq). Cercetătorii care planifică măsurători de Expresie încă ne cer adesea părerea despre ce tehnologie să folosim.

adevărata întrebare aici este: când, dacă vreodată, are sens să folosești microarrays în loc de secvențiere ARN?

uneori are sens. Este posibil să aveți un motiv bun pentru a rămâne la microarrays, dacă 1) niciunul dintre parametrii enumerați mai sus nu este critic și / sau 2) se aplică unul dintre următoarele:

• utilizați un test de diagnostic bazat pe microarray cu utilitate clinică dovedită,
• aveți un număr mare de probe și costul este critic,
• doriți să puteți compara profilurile de Expresie direct cu un alt set de date microarray din aceeași platformă matrice sau
• aveți un flux de lucru microarray care rulează intern (sau cu parteneri de încredere) de din punctul de vedere al unui bioinformatician pe care ați putea dori să îl luați în considerare: dacă aveți un cercetător în echipa dvs. care va folosi datele pentru a învăța Bioinformatica, amintiți-vă că analiza datelor ARN-seq este cu siguranță o abilitate mai utilă în modern (și viitor!) labs decât analiza microarray.

  listele de mai sus ar trebui să vă ajute să luați decizia ARN-seq vs.microarray. Cu toate acestea, merită întotdeauna să aveți o discuție cu un bioinformatician sau un furnizor de măsurare pentru a selecta platforma care se potrivește cel mai bine materialului dvs. biologic, întrebărilor de cercetare și bugetului.

  Aflați mai multe despre modelul de serviciu sau contactați-ne pentru a afla cum vă putem ajuta!