IMGT Aide-mémoire
varaus, vedyn luovuttaja-ja vastaanottoatomit sekä aminohappojen sivuketjujen polariteetti
- aminohappojen sivuketjujen vety-ja vastaanottoatomit
- aminohappojen sivuketjujen polariteetti
aminohappojen sivuketjujen varaus
Varautunut puoli ketjut
aminohapon sivuketjun varaus riippuu AA: n pk: sta (Taulukko 1) ja liuoksen pH: sta.
- negatiivinen varautunut (happamat sivuketjut: asparagiinihappo ja glutamiinihappo
niiden pK-arvoa paremmassa pH: ssa (Taulukko 2) karboksylitsidiketjut menettävät h+ – ionin (protonin)ja ovat negatiivisia varautuneita. Ne ovat siis happamia.
asparagiinihapon ja glutamiinihapon sivuketjut ovat varauksettomia pH: ssa, joka on huonompi kuin niiden pK.
- positiivisesti varautuneet (perussivuketjut): lysiini, arginiini ja histidiini
niiden pK-arvoa paremmassa pH: ssa (Taulukko 2) amiinisivuketjut ovat varaamattomia.
pH: ssa, joka on pK: ta huonompi, lysiini -, arginiini-ja histidiiniketjut ottavat vastaan H+ – ionin (protonin) ja ovat varautuneita. Ne ovat siis perusasioita.
Taulukko 1: aminohapon sivuketjuryhmän pK.Sivuketjuryhmän pK on pH,jossa tasan puolet karboksylikori-amiiniryhmästä on varautunut.
| aminohappo | sivuketjuryhmän pK |
|---|---|
| asparagiinihappo | 3, 9 |
| glutamiinihappo | 4, 2 |
| lysiini | 10, 5 |
| arginiini | 12, 5 |
| histidiini | 6.0 |
arginiinin sivuketju on hyvin alkeellinen, koska sen positiivinen varaus stabiloituu resonanssilla.
histidiinin sivuketjun kahdella nitrogeenillä on suhteellisen heikko affiniteetti h+: aan ja ne ovat neutraalissa pH: ssa vain osittain positiivisia.
Taulukko 2: aminohappojen sivuketjujen varaus.Vain sivuketjut näkyvät.
pH=7: ssä 5 aminohapon sivuketjut varautuvat.
lataamattomat sivuketjut
viidessätoista AA: ssa on lataamattomat sivuketjut. Ne ovat: A, N, C, Q, G, I, L, M, F, P, S, T, W, Y, V.
vedyn luovuttaja-ja vastaanottoatomit aminohapon sivuketjuista
Klikkaa tästä saadaksesi Aminohappoatomien nimikkeistön.
- 3 aminohapossa (arginiini, lysiini ja tryptofaani) on vetyä luovuttavia atomeja sivuketjuissaan.
- 2 aminohapolla (asparagiinihappo, glutamiinihappo) on vetytunnistinatomeja sivuketjussaan.
- 6 aminohapossa (asparagiini, glutamiini, histidiini, seriini, treoniini ja tyrosiini) on sivuketjuissaan sekä vetyantaja-että vastaanottoatomeja.
Taulukko 3: vedyn luovuttaja-ja vastaanottoatomit aminohappojen sivuketjuissa.
a sulkeiden välissä niiden ”SP-vetyjen” lukumäärä, joita luovuttaja-atomi voi luovuttaa, jos niitä on useampia.
b sulkeiden välissä, määrä vetysidoksia, jotka hyväksyvä atomi voi hyväksyä, jos useampi kuin yksi.
- 9 aminohapolla (alaniini, kysteiini, glysiini, isoleusiini, leusiini, metioniini, fenyylialaniini, proliini, valiini) ei ole sivuketjuissaan vetyä luovuttavia tai hyväksyviä atomeja.
aminohappojen sivuketjujen polaarisuus
aminohappojen sivuketjut, joissa on vedyn luovuttaja-ja/tai hyväksymisatomit, ovat polaarisia
aminohappojen sivuketjut, joissa ei ole vedyn luovuttaja-atomeja ja/tai hyväksymisatomit ovat nonpolaarisia
on 10 ei-polaarista aminohappoa (mukaan lukien tryptofaani, huolimatta vedyn luovuttaja-atomista): A, C, G, I, L, M, F, P, V, W.
nämä ei-polaariset aminohapot:
- pyrkivät niputtamaan sivuketjunsa yhteen proteiinien sisäpuolelle.
- ovat usein mukana Van der Waalsin vuorovaikutuksissa.
parilliset kysteiinit mahdollistavat disulfidisidokset.