Mikä on genomiselain ja miksi tarvitsemme sellaista?

tässä vaiheessa esitellään genomiselaimet, jotka ovat mullistavia työkaluja, jotka auttavat ymmärtämään geenejä kokonaisten genomien yhteydessä.

genomiselain on tietokoneohjelma, joka näyttää genomitiedot käyttäjäystävällisesti. Se vie tyypillisesti hyvin suuria tiedostoja, kuten koko genomin FASTA-tiedostoja ja näyttää ne siten, että me käyttäjät voimme saada järkeä tietoa siellä. Useimmissa tapauksissa genome-selaimet on suunniteltu integroimaan erityyppisiä tietoja, jotka on esitetty erityyppisissä tiedostoissa. Esimerkiksi merkintätiedostot, jotka sisältävät tietoa geenien sijainnista genomissa, voidaan myös ladata genomiselaimeen, jotta voimme silmämääräisesti tarkastaa geenien sijainnin. Tämä on tärkeää, koska voimme tulkita tuloksia intuitiivisemmin, kun voimme nähdä informaation genomisessa kontekstissa eikä eristyksissä (eli yksittäisessä geenisekvenssissä).

genomiselaimia on useita. Se, mitä he voivat tehdä, riippuu tutkijoiden ja selainta käyttävän yhteisön tarvitsemista tehtävistä. Monet niistä voidaan käyttää suoraan Internetistä ja ne pystyvät näyttämään tietoja yleisesti haettu tai tutkittu organismeja. Esimerkiksi Kalifornian yliopisto Santa Cruz kehitti Human Genome Projectin kynnyksellä UCSC-genomiselaimen. Nykyään se näyttää tietoa paitsi ihmisen perimästä myös monista muista eliöistä, kuten madoista ja kärpäsistä.

tällä kurssilla aiomme käyttää genomiselainta, joka on suunniteltu käytettäväksi erityisesti bakteerien genomien kanssa. Sen nimi on Artemis, ja sen sijaan, että käytämme sitä verkossa, asennamme sen tietokoneisiimme ja suoritamme sen ”paikallisesti”.

mutta ennen kuin jatkamme Artemiksen lataamista ja asentamista, tutustutaan sen luomiseen ja sen keskeisiin ominaisuuksiin.