RNA-sekvensointi Vs. Mikroarrayt

tämä teknologinen muutos geeniekspressioprofiloinnissa ei ole yllätys, kun otetaan huomioon, mitä RNA-seq mahdollistaa:

• uusien, annotoimattomien geenien havaitseminen
• sekvenssitason muutosten havaitseminen (koodausalueen mutaatiot, geenien fuusiot, A-to-I-muokkaustapahtumat)
• vaihtoehtoisten, jopa uusien tapahtumien havaitseminen, toisin kuin vakiomikrorauskuilla
• laajempi dynaaminen alue, jota voidaan säätää ohjaamalla sekvenssisyvyyttä
• ei-referenssieliöiden ekspressioprofilointi (vähemmän suoraviivaista mutta do-able!) ja niin edelleen.

useimmissa tapauksissa näytteesi lausekeprofiilin saaminen olisi silti hieman halvempaa käyttämällä mikrorakeita RNA-sekvensoinnin sijaan, ero on välillä 50-100 EUR / USD näytettä kohti. RNA-seq: n hyödyt voivat kuitenkin helposti ylittää lisäkustannukset.

tästä huolimatta mikrorauskut eivät ole kokonaan kadonneet. Analysoimme säännöllisesti microarray expression-tietoja asiakkaillemme (joskaan ei yhtä paljon kuin RNA-seq). Ilmaisumittauksia suunnittelevat tutkijat kysyvät yhä usein mielipidettämme siitä, mitä teknologiaa kannattaa käyttää.

todellinen kysymys tässä on: milloin, jos koskaan, on järkevää käyttää mikroraketteja RNA-sekvensoinnin sijaan?

joskus siinä on järkeä. Sinulla voi olla hyvä syy pitää kiinni mikrorakenteista, jos 1) mikään yllä luetelluista parametreista ei ole kriittinen, ja / tai 2) jokin seuraavista pätee:

• käytät mikroarray-pohjaista diagnostista testiä, jolla on todistettu kliininen hyödyllisyys,
• sinulla on suuri määrä näytteitä ja kustannukset ovat kriittiset,
• haluat pystyä vertaamaan lausekeprofiileja suoraan saman matriisialustan toiseen microarray-datajoukkoon, tai
• sinulla on käynnissä microarray-työnkulku talon sisällä (tai luotettavien kumppaneiden kanssa) näytteiden keruusta data-analyysiin, johon olet tyytyväinen

lopuksi yksi piste bioinformatikon näkökulmasta, jota kannattaa harkita: jos tiimissäsi on tutkija, joka käyttää dataa bioinformatiikan oppimiseen, muista, että RNA-seq-data-analyysi on ehdottomasti hyödyllisempi taito nykyaikana (ja tulevaisuudessa!) labs kuin mikroarray analyysi.

yllä olevien luetteloiden pitäisi auttaa sinua tekemään RNA-seq vs. microarray-päätös. Keskustelu bioinformaatikon tai mittaustoimittajan kanssa kannattaa kuitenkin aina käydä, jotta voi valita alustan, joka parhaiten vastaa biologista aineistoa, tutkimuskysymyksiä ja budjettia.

Lue lisää out-palvelumallista tai ota meihin yhteyttä ja kysy, miten voimme auttaa sinua!