IMGT Aide-mémoire
Laden, waterstof donor en acceptor atomen, en de polariteit van het aminozuur kant kettingen
- Kosten van het aminozuur kant kettingen
- Waterstof donor en acceptor atomen van het aminozuur kant kettingen
- Polariteit van het aminozuur kant kettingen
Kosten van het aminozuur kant kettingen
Geladen zijketens
De heffing op de side-chain amino acid is afhankelijk van de pK van de AA (Tabel 1) en de pH van de oplossing.
- negatief geladen (zure zijketens): asparaginezuur en glutaminezuur
bij een pH die hoger is dan hun pK (Tabel 2) verliezen de carboxylic-ketens een H+ – ion (proton)en zijn negatief geladen. Ze zijn dus zuur.
bij een pH die lager is dan hun farmacokinetiek zijn de zijketens van asparaginezuur en glutaminezuur niet geladen.
- positief geladen (basiszijketens): lysine, arginine en histidine
bij een pH die hoger is dan hun farmacokinetiek (Tabel 2) zijn de aminezijketens niet geladen.
bij een pH die lager is dan hun pK, accepteren de lysine, arginine en histidine ketens een H+ ion (proton) en zijn positief geladen. Ze zijn dus fundamenteel.
Tabel 1: pK van de aminozuurzijketengroep.De pK van de zijketengroep is de pH waarbij precies de helft van een carboxylicor-aminegroep wordt opgeladen.
| Aminozuur | pK van de side-chain group |
|---|---|
| asparaginezuur | 3.9 |
| Glutaminezuur | 4.2 |
| Lysine | 10.5 |
| Arginine | 12.5 |
| Histidine | 6.0 |
De arginine zijketen is zeer basisch omdat de positieve lading wordt gestabiliseerd door resonantie.
de twee nitrogenen van de histidinezijketen hebben een relatief zwakke affiniteit voor een H+en zijn slechts gedeeltelijk positief bij neutrale pH.
Tabel 2: lading van de aminozuurzijketens.Alleen de zijkettingen worden getoond.
bij pH=7 zijn zijketens van de 5 aminozuren geladen.
Uncharged side chains
vijftien AA hebben uncharged side chains. Het zijn: A, N, C, Q, G, I, L, M, F, P, S, T, W, Y, V.
Waterstofdonor-en acceptoratomen van de aminozuurzijketens
Klik hier voor de Aminozuuratomen-nomenclatuur.
- 3 aminozuren (arginine, lysine en tryptofaan) hebben waterstofdonoratomen in hun zijketens.
- 2 aminozuren (asparaginezuur, glutaminezuur) hebben waterstofacceptoratomen in hun zijketen.
- 6 aminozuren (asparagine, glutamine, histidine, serine, threonine en tyrosine) hebben zowel waterstofdonor-als acceptoratomen in hun zijketens.
Tabel 3: Waterstofdonor-en acceptoratomen in aminozuurzijketens.
a tussen haakjes, aantal “SP-waterstofatomen” dat een donoratoom kan doneren, indien meer dan één.
b tussen haakjes, het aantal waterstofbindingen dat een acceptoratoom kan accepteren, indien meer dan één.
- 9 aminozuren (alanine, cysteïne, glycine, isoleucine, leucine, methionine, fenylalanine, proline, valine) hebben geen waterstofdonor-of acceptoratomen in hun zijketens.
polariteit van de aminozuurzijketens
Aminozuurzijketens met waterstofdonor-en/of acceptoratomen zijn polair
Aminozuurzijketens zonder waterstofdonor-en/of acceptoratomen zijn niet-polair
er zijn 10 niet-polaire aminozuren (waaronder het tryptofaan, ondanks een waterstofdonoratoom): A, C, G, I, L, M, F, P, V, W.
deze niet-polaire aminozuren:
- neigen om hun zijketens samen in de binnenkant van proteã nen te clusteren.
- zijn vaak betrokken bij Van der Waals interacties.
gepaarde cysteinen staan disulfidebindingen toe.