Wat is een genoombrowser en waarom hebben we die nodig?

in deze stap introduceren we genoombrowsers, revolutionaire tools die ons helpen om genen te begrijpen in de context van hele genomen.

een genoombrowser is een computerprogramma dat genomische gegevens op een gebruiksvriendelijke manier weergeeft. Het duurt meestal zeer grote bestanden, zoals hele genoom FASTA bestanden en geeft ze op een manier dat wij gebruikers kunnen zin van de informatie daar te maken. In de meeste gevallen, worden de genoombrowsers ontworpen om verschillende soorten gegevens te integreren die in verschillende types van gegevensdossiers worden vertegenwoordigd. Annotatiebestanden, die informatie bevatten over de locatie van genen in het genoom, kunnen bijvoorbeeld ook in een genoombrowser worden geladen zodat we de locatie van de genen visueel kunnen inspecteren. Dit is belangrijk omdat we resultaten intuïtiever kunnen interpreteren wanneer we informatie in een genomische context kunnen zien en niet in isolatie (dat wil zeggen een enkele gensequentie).

er zijn veel genoombrowsers beschikbaar. Wat ze kunnen doen hangt af van de taken die nodig zijn door de onderzoekers en de gemeenschap die gebruik maakt van de browser. Veel van hen kunnen direct worden benaderd vanaf het internet en ze zijn in staat om informatie van algemeen gezocht of onderzocht organismen weer te geven. Bijvoorbeeld, op de komst van het menselijk genoom Project, de Universiteit van Californië Santa Cruz ontwikkelde de UCSC genoom browser. Tegenwoordig toont het informatie niet alleen voor het menselijk genoom, maar ook voor vele andere organismen zoals wormen en vliegen.

in deze cursus gaan we een genoombrowser gebruiken die speciaal is ontworpen voor gebruik met bacteriële genomen. De naam is Artemis, en in plaats van het online te gebruiken, zullen we het installeren op onze computers en draaien het “lokaal”.

maar voordat we doorgaan met het downloaden en installeren van Artemis, laten we meer weten over de creatie en de belangrijkste functies ervan.