Was ist ein Genom-Browser und warum brauchen wir einen?

In diesem Schritt stellen wir Genome Browser vor, die revolutionäre Werkzeuge sind, die uns helfen, Gene im Kontext ganzer Genome zu verstehen.

Ein Genombrowser ist ein Computerprogramm, das genomische Daten benutzerfreundlich anzeigt. Es dauert in der Regel sehr große Dateien, wie ganze Genom FASTA-Dateien und zeigt sie in einer Weise, dass wir Benutzer Sinn der Informationen dort zu machen. In den meisten Fällen sind Genombrowser so konzipiert, dass sie verschiedene Arten von Daten integrieren, die in verschiedenen Arten von Datendateien dargestellt werden. Beispielsweise können Annotationsdateien, die Informationen über die Position von Genen im Genom enthalten, auch in einen Genombrowser geladen werden, damit wir die Position der Gene visuell überprüfen können. Dies ist wichtig, weil wir Ergebnisse intuitiver interpretieren können, wenn wir Informationen in einem genomischen Kontext und nicht isoliert (dh einer einzelnen Gensequenz) sehen können.

Es gibt viele verschiedene Browser. Was sie tun können, hängt von den Aufgaben ab, die von den Forschern und der Community, die den Browser verwendet, benötigt werden. Viele von ihnen sind direkt aus dem Internet zugänglich und können Informationen von häufig gesuchten oder erforschten Organismen anzeigen. Zum Beispiel entwickelte die University of California Santa Cruz anlässlich des Humangenomprojekts den UCSC Genome Browser. Heutzutage zeigt es Informationen nicht nur für das menschliche Genom, sondern auch für viele andere Organismen wie Würmer und Fliegen.

In diesem Kurs verwenden wir einen Genombrowser, der speziell für die Verwendung mit bakteriellen Genomen entwickelt wurde. Sein Name ist Artemis, und anstatt es online zu verwenden, installieren wir es auf unseren Computern und führen es „lokal“ aus.

Bevor wir jedoch mit dem Herunterladen und Installieren von Artemis fortfahren, erfahren wir mehr über seine Erstellung und seine wichtigsten Funktionen.